Vesiensuojelun tavoitteena on vesistöjen haitallisten muutosten estäminen ja haittojen korjaaminen. Ympäristövalvonta edistää toiminnallaan vesiensuojelua ja hajakuormituksen vähentämistä. Yleisesti vesien tilaa heikentävät merkittävimmin yhdyskuntien, teollisuuden, maa- ja metsätalouden sekä liikenteen päästöt, maankäyttö sekä vesivarojen käyttö. Vesistöjen kokonaiskuormitus muodostuu pistemäisestä kuormituksesta, hajakuormituksesta, laskeumasta ja luonnonhuuhtoumasta. Haitalliset muutokset näkyvät vesiluonnon monimuotoisuuden pienenemisenä sekä vesistöjen pilaantumisena. Kalakantojen muutokset, rantojen umpeen kasvaminen ja levien ilmestyminen ovat tutuimpia merkkejä vesistön tilan heikkenemisestä.

Pohjavesi on tärkeä uusiutuva luonnonvara, jonka suojelu on tärkeää. Pohjavesiä koskee pohjavesien muuttamis- ja pilaamiskielto. Ympäristövalvonta valvoo näiden kieltojen noudattamista Parkanon alueella. Ympäristövalvonta pyrkii myös edistämään pohjavesien suojelua mm. ohjaamalla pohjavesiriskejä aiheuttavat uudet toiminnot ja laitokset pohjavesialueen ulkopuolelle. Pohjavesialueilla sijaitsevia toimintoja valvotaan.